四是完善知识产权诉讼证据规则。著作权司法解释明确了认定权利人和利害关系人的证据范围和认定规则；对所谓的“陷阱”取证等证据取得方式的合法性予以澄清。有关民事诉讼和行政诉讼证据规则司法解释的发布实施，完善了举证责任分配规则，明确了法院调查收集证据的范围和条件，解释了“新的证据”的含义，规范了举证时限问题，进一步明确诉讼证明要求和证明标准，完善了法官依法独立审查判断证据的原则，明确了非法证据的判断标准，建立了申请具有专门知识的人员出庭就案件的专门性问题进行说明的诉讼辅助人制度。根据最高人民法院的有关规定，知识产权诉讼案件的技术鉴定也纳入了人民法院统一司法鉴定制度范畴。最高人民法院还通过审判研究如何进一步完善证据规则，如在（美国）伊莱利利公司诉江苏豪森药业股份有限公司方法专利侵权纠纷上诉案中明确：被告以自己商业秘密进行抗辩的证据也必须经过庭审质证才能作为定案的依据。
五是对其他许多重要问题予以规范。相关司法解释依法界定了知识产权权利人和利害关系人的范围。对作为确定地域管辖依据的侵权行为地作出了更有利于权利人行使诉权的明确解释。进一步规范了专利侵权案件中止诉讼问题，努力缩短审理周期。提出了一系列知识产权侵权判定原则和方法，合理界定权利范围，2001年的专利司法解释肯定了专利侵权判定中的等同原则，2002年商标司法解释规定了判断商品类似和商标近似具体方法。明确了人民法院个案认定驰名商标、知识产权权利冲突的处理、连续侵权诉讼时效的计算、知识产权民事诉讼程序与行政执法程序的衔接等问题。还对知识产权法律的许多条文规定的理解和适用作出了明确、具体的解释。
除此之外，各级法院积极开展知识产权审判方式改革，纷纷出台具体措施加强辖区内的知识产权审判工作。强调公开开庭，充分发挥当事人在庭审中的控辩作用，弱化法院对当事人控辩活动的干预，同时正确行使法官释明权，引导庭审活动顺利进行；庭前证据交换从早期的随机性举行发展到目前的制度化运作；细化和强化庭审质证工作，进一步提高证据认定质量；探索知识产权裁判文书改革，增强裁判文书的说理性；在推行审判长选任制的同时，强化合议庭和法官的职责。
三、健全知识产权审判组织，加强知识产权法官队伍职业化建设
2000年前，全国有 14个高级法院、30个中级法院和4个基层法院设有知识产权庭。通过自2000年起的法院系统机构改革，知识产权专门审判机构得到了巩固和较大发展。最高人民法院于2000年10月正式设立独立建制的专责知识产权审判的民事审判第三庭。目前全国高级法院和省会市中级法院基本都建立了民三庭，还有许多其他中级法院和经各高级法院指定的个别基层法院也建立了民三庭。未建立民三庭的，也基本上由专门合议庭负责审理知识产权民事案件。
