一是对知识产权案件实行相对集中管辖和对部分案件的指定管辖。全国现有404个地方中级法院和3135个基层法院，目前知识产权案件与一般民事案件相比相对较少。为保证案件审理质量和效率，也为有利于培养专业法官、积累审判经验和强化工作指导，从2000年起，全国法院逐步对普通知识产权案件实行相对集中管辖，一般由中级以上法院负责受理知识产权民事一审案件，2003年由中级以上法院审理的一审案件已经达到84．76％。根据专利纠纷案件的发展形势和有关法院的条件，自2000年以来，最高人民法院增加指定了葫芦岛、景德镇、宁波、苏州、潍坊等5个中级法院审理专利纠纷案件，使全国具有专利纠纷案件管辖权的中级法院达到48个，布局基本合理。对植物新品种和集成电路布图设计案件也基本参照专利纠纷案件的作法实行范围相对更小的指定管辖。
二是完善诉前临时措施制度。新修订的
专利法、
商标法和
著作权法等都明确规定了诉前责令停止侵权行为（临时禁令）措施，
商标法和
著作权法的修订还规定了诉前证据保全措施。为正确适用法律规定的新措施，司法解释对申请人的资格、管辖和受理、证据提交、担保、裁定时限和内容、复议申请的审查、禁令解除、申请错误赔偿、禁令有效期和违反禁令的责任等一系列具体问题作出了规定，对专利侵权案件中的诉前证据保全制度予以补充，还明确了集成电路布图设计案件的诉前禁令制度，并进一步完善了诉前财产保全制度。
三是完善知识产权侵权民事责任制度。相关司法解释对计算机网络服务提供者、时事新闻传播报道者、报刊网络已发表作品转载者、出版者、计算机软件用户等应当承担的法律责任合理予以界定；规定了对权利人因侵权受损、侵权人因侵权获利或违法所得、参照许可费和定额赔偿等损害赔偿计算依据的具体计算方法和考虑因素，明确了权利人为制止侵权行为的合理开支的范围，符合国家有关部门规定的律师费用也可以被计算在赔偿范围之内。
四是完善知识产权诉讼证据规则。著作权司法解释明确了认定权利人和利害关系人的证据范围和认定规则；对所谓的“陷阱”取证等证据取得方式的合法性予以澄清。有关民事诉讼和行政诉讼证据规则司法解释的发布实施，完善了举证责任分配规则，明确了法院调查收集证据的范围和条件，解释了“新的证据”的含义，规范了举证时限问题，进一步明确诉讼证明要求和证明标准，完善了法官依法独立审查判断证据的原则，明确了非法证据的判断标准，建立了申请具有专门知识的人员出庭就案件的专门性问题进行说明的诉讼辅助人制度。
根据最高人民法院的有关规定，知识产权诉讼案件的技术鉴定也纳入了人民法院统一司法鉴定制度范畴。最高人民法院还通过审判研究如何进一步完善证据规则，如在（美国）伊莱利利公司诉江苏豪森药业股份有限公司方法专利侵权纠纷上诉案中明确：被告以自己商业秘密进行抗辩的证据也必须经过庭审质证才能作为定案的依据。
