第三十九条 编制年度投资建议计划应合理筛选项目，注意合理的前期工作周期，要充分征求有关部门的意见，考虑各方面配套资金的落实以及相关工作力量的落实等因素。水利前期工作年度投资计划，应优先安排前期工作续建项目以及新开展工作的重点、应急项目的需要。
第四十条 编制前期工作年度投资建议计划应总结上年度前期工作完成情况、存在问题，提出年度工作的重点及预计完成的项目。年度投资建议计划主要内容应包括：项目名称、项目所在地、项目建设规模及前期工作主要内容、工作起止年限、项目任务书编报情况、项目主管部门、总投资、已安排投资、年度建议投资等。
第四十一条 项目责任单位应于上一年度7月底之前将下一年度投资建议计划上报水利部。各流域前期工作的年度投资建议计划由流域机构负责编报；申请补助经费的地方项目前期工作年度投资建议计划应由各省（自治区、直辖市）水行政主管部门组织编制，落实地方资金并报送流域机构审核后，由流域机构上报；科研院所、高等院校申报的项目，涉及流域业务的由相关流域机构编报；其它项目年度投资建议计划由相关责任单位统一纳入本单位年度投资建议计划上报。
第四十二条 申报前期工作投资建议计划中对于新开展工作的项目，应当附具项目的《任务书》。利用外资前期工作项目需要安排国内配套资金的，还需提供我国政府与国际金融组织或外国政府签署的协议，以及相应的评估报告。
第四十三条 水利前期工作年度投资建议计划报部后，各项目主管部门负责对投资建议计划相关内容进行审核，根据轻重缓急，合理控制投资规模，提出审核意见和安排建议。
第四十四条 水利前期工作投资计划主管部门以各单位上报的建议计划为依据，根据水利前期工作投资规模、重点和各项目主管部门的审核意见，在宏观调控、综合平衡和考虑前期工作进度基础上，编制水利部中央水利前期工作年度投资建议计划，由水利部报送国家发展和改革委员会。
第四十五条 水利部在收到国家发展和改革委员会下达的水利前期工作投资计划后，按项目分解下达到各项目责任单位。各项目责任单位在接到年度投资计划后，应抓紧做好项目任务及经费分解、工作量安排、进度计划等落实工作，并在年度投资计划下达45日内，将核备计划报水利部。
