另一方面，即使代表提出了有价值的意见，政府部门该如何对代表的意见做出反馈，也缺少明确的法律规则。目前，我国的人民代表大会采用代表团、小组讨论审议的议事方式，人大代表只能在分组讨论时对预算草案提出修改意见，然后由财经委将意见汇总，向主席团提出审查结果报告，主席团审议通过后，印发会议，并将关于国家预算和预算执行情况的决议草案提请大会全体会议表决。这种分组讨论、汇总意见、提出审查报告的做法存在很多问题：第一，代表的意见能否都在财经委的审查结果报告中得以体现?如果代表对预算草案的修改意见较多，到底哪些意见应被财经委的审查结果报告所包涵，哪些则可以省略?遴选标准和程序如何?如果财经委的审查结果报告未能如实、全面反映代表意见该如何处理?第二，主席团通过财经委的审查结果报告后，政府财政预算是否必须在大会会期内立刻按照审查结果报告中提及的建议进行修改，再报请大会全体会议表决?由于现在大会会期非常短，如果政府部门在大会会议期间来不及作出相应修改该怎么办?是必须在会议议期内草草修改提交大会表决，还是可以在人大会议闭幕后将修改后的预算草案报人大常委会审批?亦或事后加开一次人大会议通过?最后一种情况在某些县级人大曾经发生过，但如是在级别较高的，如省级人大、全国人大审议时发生预算不通过，加开人大会议可能会在实践中有很大困难，届时该如何操作?第三，如果发生政府拒绝按审查结果报告的全部要求进行修改的情况，应如何处理?尽管在目前的政治实践中，发生上述可能性的机率并不大，但仍不能将这些问题径行忽略。
再次，我国的预算信息尚不够透明，人大对预算的审批过程也缺少公众监督。
预算信息全面、准确、及时的批露，不仅是人大代表对政府预算实现有效审议的关键，也是社会公众参与预算审议的前提。但目前我国社会公众对预算信息的了解总体上仍十分困难。根据以往常规，我国有关预算执行情况和预算草案，每次人大会议上均作为机密材料，在开会前才发给人大代表，会议结束后很快又收回，代表很难深入了解，公众更无从知晓其内容。公众申请了解预算信息，政府部门要么以公共预算属于机密，要么以预算内容跟申请人无关等理由拒绝。这一现象在《政府信息公开条例》公布实施后有了一定改观，该条例明确规定：各级政府的预算和决算报告是需要主动公开的“重点政府信息”。与之相适应，2007年，广东省预算草案封面上首次去掉“秘密”二字。2008年5月27日，深圳市向申请的公民公开了深圳市本级2008年度部门预算（草案）；10月27日，卫生部向申请者公布了一份接近完备的本级部门预算。在新中国的历史上，这两次回应都是第一次。[29]2009年3月20日，财政部在其官方网站正式公布了经第十一届全国人民代表大会第二次会议审议通过的2009年中央财政预算数据，这是财政部首次在全国人民代表大会审议通过预算草案的第一时间将其向社会公开。[30]但目前仍有很多部门并未按条例要求主动公开预算信息，即使在公众申请公开时也予以拒绝。如上海律师严义明关于请求财政部公开4万亿投资预算的申请就被两次驳回。北京律师杨慧文2009年4月向北京73个政府部门申请公开“如何花钱”，只得到两份完整答复。[31]预算上网也非普遍做法，大多数地方的政府预算，公众仍是可望而不可即。据上海财经大学一学者主持的中国财政透明度报告的评分，在政府财政信息透明方面，政府的平均得分只有20分（百分制）。[32]
在预算信息公开的内容上，目前我国不少地方的预算草案也十分简单，尽管我国实行复式预算已有一段时间，并形成了复式预算的基本结构，既预算科目包括类、款、项、目4个层次，但政府报送的预算草案却只要求科目列到类、重要的列到款，[33]对真正体现预算资金流向的款、项、目3个层次鲜有涉及。人大代表根据残缺的预算报告，很难判断预算的收支是否合理，只能根据惯性投票，根本无法切实行使审批权。更为严重的问题是，目前政府的收入并没有完全纳入预算管理，仍有巨额的预算外资金。有学者称，2006年，实际上政府总收入至少高达67000亿元，占当年GDP的32％。而纳入预算的只有39000亿元，近28000亿元的收入没有纳入预算内管理。这笔巨额资金花到哪里了，从来没有提交各级人大审议、批准和监督。再如，上海市14年内对私车车牌进行拍卖收入约为137．54亿元，这些天价车牌拍卖费也游离于人大监督之外，用到哪里去了?至今成谜。[34]
在人大对审批预算过程的信息公开上，也同样不足。尽管我国《议事规则》规定，大会全体会议设旁听席，旁听办法另行规定，[35]但20年过去了，相关办法至今未能出台。现实中，全国人大开会期间，代表乘坐车辆均由警车开道，人民大会堂周围警戒森严，公众莫说旁听，连接近都很困难，旁听权只能停留于纸上。媒体报道也将主要精力放在总理作政府工作报告上，而对大会分组讨论一般仅有有限的几个镜头。这与在美日等预算法制较为健全的国家，国会讨论通过预算案，全程公开，公众可以旁听，媒体可以报道，电视台直播国会讨论的全程公开形成了较为鲜明的对比。
