其一，关于不同诉讼阶段证明标准的区分度。在英美刑事诉讼中，对处于不同的诉讼阶段的侦查、起诉和审判活动适用不同的证明标准，反映了不同诉讼阶段的证明任务不同和不同机关诉讼职能不同的特点，具有比较合理的区分度。事实上，在“排除合理怀疑”这一前提下，英美国家的刑事诉讼根据所要证明的罪行轻重，对不同类型的案件所适用的证明标准又有所区别。一般说来，犯罪的性质越严重，证明的要求就越高。布鲁厄姆勋爵为卡罗琳王后的辩护词，对此进行了生动地说明：“摆在我们面前的这些证据，即使用于证明一笔债务，也是很不充分的。凭它来剥夺一种民事权利，是显然不行的；凭它来认定一件微小的罪行，是荒唐可笑的；凭它来证明一件严重的罪行，是荒诞可耻的；凭它来诋毁英国王后的名誉，则简直是荒谬绝伦的！”[3]而涉及剥夺他人生命的死刑案件，其证明要求无疑应当是最高的。而在中国的刑事诉讼中，不仅对诉讼各主要阶段提出同样的证明要求，而且无论是重罪案件，还是轻罪案件，都要达到“犯罪事实清楚，证据确实充分”这一证明标准。
其二，关于案件证明达到的可能程度。在英美刑事诉讼中，排除了“绝对的确定性”这一不具有客观可能性的证明标准，确立了有罪判决的最高证明标准，即必须达到“排除合理怀疑”的程度，而无罪判决的要求却很低，只要求有“合理怀疑”即可。中国的刑事案件证明标准，则要求达到“案件事实清楚”的程度。这里的“案件事实清楚”在性质上属于哲学层面上的完全真实，而不是指经过证据审查和采信程序确认的“法律真实”，[4]因而有绝对化的趋势，实质上是一种不够客观的理想化的证明标准。
中国刑事案件证明标准的上述特点所生弊端应当说十分明显：
其一，证明标准容易为司法者为达到追究犯罪之目标而任意采信。“案件事实清楚、证据确实充分”不仅要求案件的所有证明对象都要有证据予以证明，而且要求对案件事实的证明达到与客观真实相符合的程度；否则，证明要求便不能实现。由于要求的证据数量和质量不切实际，在实际操作中很容易诱发承担举责任的追诉机关为保证有罪指控的成立，采取违法方法收集证据，以避免案件久拖不决所带来的种种问题（如诉讼时效、超期羁押、国家赔偿、打击效率及司法人员业绩评价等问题）。
其二，容易强化“三机关”合力追诉犯罪的思维惯性，使犯罪人合法权益的保护机制难以正常运转。由于对侦查终结和起诉的案件与作出有罪判决的案件，法律都要求达到“案件事实清楚、证据确实充分”的程度，没有反映出不同诉讼活动中证明标准的实质性区别，不仅与诉讼实践不符（如果真达到了“客观真实”的程度，实践中就不应当有检察机关退回补充侦查和检察机关自己提起公诉后又撤回起诉、要求延期审理等情况出现），而且客观上强化了公、检、法三机关合力追诉犯罪的态势：在被告人“有罪证据确实、充分”的预设下，检察跟着公安走，法院顺着追诉判，证据审查流于形式，采信规则难以严格遵守，辩护制度被虚化，其必然结果是被告人性命堪忧。
