目前，适用普遍管辖的罪行应属于一种严格意义上国际犯罪，不能任意扩大国际犯罪的范围。巴西奥尼教授指出：国际犯罪是指在由相当数量的缔约国参加的多边条约中指明为一种犯罪的任何行为。 毋庸置疑，国际犯罪具有严重的国际危害性和刑事违法性，但对国际犯罪的定性应以国际公约的规定为依据。有些国际犯罪常常由跨国危害因素构成，与跨国犯罪 交错竞合很难显区分，诸如非法贩运毒品罪、恐怖主义犯罪，非法贩运淫秽出版物罪、洗钱犯罪、劫持航空器罪等等，这种情况并不表明跨国犯罪一定就是国际犯罪。因此，跨国因素只是国际犯罪危害性的一种表征，所以对适用普遍管辖权的国际犯罪不宜作广义的理解。从1996年通过的《惩治危害人类和平与安全罪行法典草案》列举的25种国际犯罪分析，国际犯罪应是国际公约普遍认可的罪行。我们认为，凡属于国际公约中规定的、广为国际社会认可的、应予以普遍管辖的罪行，不论是“跨国性的国际犯罪”还是“纯粹的国际犯罪”，任何国家均可行使普遍管辖权。
第二，国家主权观念的限制。从理论上讲，普遍管辖权与国家主权并不矛盾，因为普遍管辖权是由各个主权国家通过缔结公约而行使的一项权利，而且普遍管辖权的适用范围又仅限于国际犯罪。然而，管辖权以主权为依据的事实并不意味着，每一个国家在国际法上有在它所选择的任何情况下行使管辖权的主权权利。 普遍管辖权的行使可能会影响其他国家的利益，当一个国家自认为是其管辖权的主权权利行使时，另一个国家则可能认为是对其属地或属人权威主权的侵犯，这种情形使普遍管辖的适用受到一定程度的限制。另一个问题在于，由于世界文化的差异和法制模式的不同，国际社会关于国际犯罪的概念至今尚未达成共识。一些国家担心其他国家肆意扩大国际犯罪的解释进而扩大其司法管辖权，有意或无意地干涉了本国对案件的管辖权，故而限制普遍管辖的实际运用。因此，在世界范围内完全确立普遍管辖原则，不仅在法律上存有实际的困难，而且在政治上同样存在着一定的阻力。
第三，权利与义务对等性的限制。实际上普遍管辖在扩大一国管辖权适用范围的同时，也增加了国家在控制和惩处国际性犯罪方面的义务。面对日益猖獗的犯罪活动，每个国家的警察和司法机关都要投入巨大的人力物力同犯罪作斗争，因而对于与犯罪行为无关的第三国是否愿意行使管辖权，对各国来讲都是一个考验。因为巨大的司法压力和经费上的困难，往往使得一些国家望而生畏，不愿承担这种额外的义务。特别是证据的提取、搜集和使用的复杂性加重了他们顺利完成特定司法任务的难度。每一步复杂的刑事司法协助程序，无疑给当事国家增加了许多法律程序上的麻烦。为了避免这些麻烦，有些国家往往不愿行使普遍管辖权。即使有些国家在特殊的场合有兴趣对某些案件行使普遍管辖权，这种管辖与其说是司法需要，不如说是政治需要。
