从完善税制、优化税收调节功能，贯彻落实科学发展，促进区域经济健康、有序、快速发展的角度看，现行税收优惠存在的问题主要表现在五个方面：一是减免税种类较多。1994年税制改革以来，陆续出台了一系列税收优惠政策，减免规定较多，政策比较分散。有些税收优惠政策产业导向不够明确，对国家重点鼓励发展的农业、高新技术产业和环境保护类产业虽给予了一定的税收1光惠，但力度仍然偏小。在改善投资环境对引导资金流向所起作用的认识上有所偏差，政策制定上对交通、基础设施等生产经营的外部条件先行发展的区域税收优惠在吸引投资方面的作用不明显，造成投资流动性大，短期投资增多。投机性加强，不利于投资在区域经济发展中的合理分布。二是有些减免税收政策规定在方式上不够科学。减免税收政策存在享受减免的对象不一致的现象，如高新技术开发区税收优惠政策仅适用于高新技术开发区内企业，这给区外高新技术企业带来税收上的不公。对高新技术企业资格的认定由主管部门负责，但有些地方多头管理，难以保证严格执行标准，有些政策规定比较粗糙，比如民政福利企业减免税，按照安置残疾人占职工比例划分，达到规定比例的可减免增值税、所得税，如同“大水漫灌”，代价较大，效果并不好。从总体上看，现行税收优惠政策以直接减免方式为主，而投资抵免、加速折旧等间接优惠方式运用较少，影响了税收政策的实施效果。三是税收优惠政策的法律级次普遍不高，权威性、规范性不够，特别是贯彻国家产业政策的特点不突出。四是减免税收优惠，由于而宽量多，其规模较大影响财政增收，特别是以所得税优惠为主要内容的税收政策优惠，给财政收入带来了很大损失。同时，税收优惠还受一个地区财政承受能力的制约。特别是中西部需加快发展的经济不发达地区，其财力更加紧张。长此以往，将会影响企业公平竞争，加大对市场的扭曲程度，影响国家财政收入的增长。五是税收优惠偏重于东部地区，由于东部地区企业多，尤其是外资企业多，享受税收优惠相应较多。由于税收减免向外资企业倾斜，在财税部门负责管理的减免税中，外资企业减免税绝对额居各类企业之首，其减免税额相当于税收收入6g22％，比内资企业的12％高出10个百分点。此外，海关负责办理的外资企业进口产品增值税减免360亿元，减免税政策明显向外资企业倾斜，不仅影响了内外资企业间的公平竞争，而且也与当前统筹地区发展的要求存在一定的差距。
区域税收政策缺乏统一性和规范性，在某种程度上加大了税收征、管、查的工作难度。除所得税优惠措施在内外资企业间存在差别外，在流转税如增值税、关税等方面也存在差异，特别是外资企业在新税制实施后存在新老企业实行两套税收优惠办法的问题，这种多层次的税收政策使税制复杂化，缺乏统一性和规范性。同时，地区间财力差异在一定情况下，会转化为执行税收政策差异，为纳税人避税提供条件。另外，在地方保护主义思想指导下，一些地区为吸引外资对外商立项及可行性分析没有从严掌握，而且在税收优惠政策执行中伸缩性很大。这些使税收政策缺乏透明度，实际操作难度大，不利于依法治税和税收管理。
