将《政府信息公开条例》列为政府信息公开一般法之地位，依照《政府信息公开条例》第14条第2款规定，以前制定的行政法规如与《政府信息公开条例》不合，仍然可以优先适用；以后制定的行政法规则可能蚕食《政府信息公开条例》规定的政府信息公开的范围。这样的法适用方法所产生的结果，可能会伤及公民的知情权。其实，同样的问题在台湾地区也是存在的，因为台湾也存在着如何处理《政府信息公开法》与其它法律之间的关系问题。对此，有学者认为：“应从立法目的出发，将‘资公法’定位为信息公开之‘基本法’。此前制定之其它法律仅于其信息公开规定较‘资公法’所规定更有利于‘公开’时，始得排除‘资公法’而不用。……在‘资公法’施行后，立法者于制定（含修正）其它法律时，仍非不得排除‘资公法’之全部或部分条文之适用。”[34]“‘政府信息公开’应定位为政府信息公开基准法——除制定在（资公法之）后之法律明文排除资公法特定条文之适用者外，政府信息应概依‘政府信息公开法’办理公开。”[35]笔者以为，将《政府信息公开条例》定位信息公开“基本法”是比较恰当的。不过，只是这样的法律精神是否可以为我们的实务操作者所接受，还需要假以时日的观察才能获得切合实际的结论。
2．与《政府信息公开条例》处于上下位法关系的“例外规定”。依照《政府信息公开条例》第14条第2款规定，我们可以分两种情况讨论：
（1）《政府信息公开条例》与处于上位法的《中华人民共和国保守国家秘密法》（以下简称《保守国家秘密法》）、[36]《中华人民共和国档案法》（以下简称《档案法》）[37]等法律之间的关系。依照《中华人民共和国立法法》（以下简称《立法法》）的规定，这一法律位阶的关系是比较好处理的，即《政府信息公开条例》所作的政府信息公开范围的规定，如与处于其上位的《保守国家秘密法》、《档案法》相抵触，应属无效。从这两部法律规定的内容看，处于《政府信息公开条例》上位的《保守国家秘密法》、《档案法》，在保密规则的密度上是有差别的，《保守国家秘密法》的立法要旨在于对所持有的档案进行保密，《档案法》的立法要旨在保存档案，不过，它们的立法指导思想都是以“不公开为原则”。这与当下政府信息公开立法之理念显然是南辕北辙的。由此我们预见可能发生的事实是：在《政府信息公开条例》还没有上升为法律时，如发生法律规范冲突，《保守国家秘密法》和《档案法》必须优先适用。结果是，在当下法律体系中，《政府信息公开条例》确认的公众“知情权”可能为上位法所否定而沦于空转。
即使以后《政府信息公开条例》上升为法律，我们仍然面临着与《保守国家秘密法》、《档案法》之间关系如何处理的问题。如美国规定，原由各行政机关作成的，后来移交给国家档案暨记录管理局永久保存的“档案记录”，人民司依据“信息自由法”（FOLA）申请阅览。加拿大规定，信息公开法不适用于加拿大国家档案局所保存的数据。英国规定，信息公开法与档案法发生竞合时，原则上应优先适用信息公开法。[38]所以，在讨论台湾地区《政府信息公开法》和《档案法》之间的关系时，有学者认为：“资公法施行后，档案法之适用应局限于‘国家档案’，至于‘机关档案’则应依‘资公法’办理公开。”[39]不过，以这样的标准处理问题，基本前提是需要划清两种“档案”的界线。而在我们的法律体系下，则可能需要修改《档案法》的调控范围。
（2）《政府信息公开条例》与处于下位法的“法规和国家有关规定”的关系。当讨论这个问题时，这里的“法规”已除去“行政法规”，仅指地方性法规、自治法规、经济特区法规、军事法规。地方性法规处于《政府信息公开条例》之下位法没有疑问，[40]军事法规依据宪法、法律制定，且适用于“武装力量内部”，与行政法规之间的关系可视同铁轨两条，互不相涉。[41]自治法规、经济特区法规与行政法规之间位阶之关系尚有不明之处。从自治法规、经济特区法规在“变通执行行政法规规定”的情形下，可以在本区域内优先适用之规定看，应是一种附条件的“特别规定”。[42]此时，难说它们与行政法规之间有上下位法之关系。“国家有关规定”可以指除法律、法规以外的其它所有的国家规定，可以分为具有法属性的规章，如国家环保总局发布的《环境信息公开办法（试行）》，[43]以及没有法属性的“其它规范性文件”。依照《政府信息公开条例》第14条第2款的规定，处于《政府信息公开条例》并列的法规（如军事法规、自治法规）、以及处于《政府信息公开条例》之下的“国家有关规定”，都可以设置保密审查标准或者作出例外规定。如果这样的分析结论可以成立的话，那么，我们可以发现这样一个可能发生的事实：国家通过《政府信息公开条例》一手给公众知情权，又可能会用另一只手不断地收缩公众知情权的范围。所以，我们还必须通过立法，以解决上述可能发生的问题。
