第二，该论存在着认识论、价值论、方法论之间的内部交涉关系。辩证唯物主义认识论中内含有辩证法的因素，该论将其完全列入方法论部分有失妥当；一般科学方法论经验方法和理性思维方法、信息论、概率论等也内含着认识论因素。再次，证据法专门方法多涉及具体的操作性规范和方式，不具有作为证据法学的理论基础的理论素质。也就是说，如何解释方法论和认识论、价值论之间的内部交涉关系，并构建一逻辑严密的证据法学的理论基础体系，应当是该论应予重视的问题。
第三，更为重要的是，科学方法论与证据法学理论基础在概念、功能、特性上存在不少差异。方法，在古希腊语中，即“通向正确的道路”之意。科学方法论，尤其是“一般科学方法论”，从其内容来看，作为关于科学的一般研究方法的理论，主要探索方法的一般结构、发展趋势和方向、各种方法的相互关系等问题；从其功能来看，主要表现为在科学认识中确立新的研究方向、探索各部门的新生长点、提示科学思维的基本原理和形式的作用。正因为此，科学方法论呈现出一个随着科学实践发展而逐步发展的面相，不存在严重的历史阶段、法系、国别的差异，只是发展进度存在差异。而证据法学理论基础是一国证据法系统理论可赖以存在与发展的理论和观念前提，其重点解决一国证据法之存在价值、发展方向、历史使命等基本问题，并可通过分析证据法中法律关系，揭示和解决其内在矛盾，进而发挥其指导着证据法律制度建设和证据法治实践的功能。正因为此，证据法学理论基础在人类不同的历史阶段、不同国家以及不同部门法及其证据法中，因法律文化、司法体制、法律政策、证据法的基本功能等方面的差异具有“相对性”。
此外，作为方法论中的重要组成部分，法学方法论也可具体应用于证据法学研究中。就法学方法论而言，一般是指对法律研究方法的研究，法律研究包括法学理论的研究和法律操作的研究，而后者又包括：法律解释、法律推理、法律思维方法（有学者称这三种方法为“法律方法”）。法学方法可归结为三种：价值评判方法、逻辑分析和语义分析方法、社会实证研究方法。[28]上述学者着重论述了法律操作意义上的“证据法专门方法论”，而忽视了法学方法论为证据法学提供的涵括法学理论的研究方法和法律操作方法在内的广阔的理论资源。形象地说，我们只在法学方法论这一为我国学术界生疏而奢望的宝藏中掘到“一桶金”，而且“含金量不高”。
我们认为应当将证据法学理论基础与方法论加以区别，但并不忽视方法论对于证据法学的价值。在我国证据法学中，除了可以借其修正证据立法中的自然疏漏与缺憾，改善证据法实践中实际操作方式、方法外，最重要的意义在于，它有助于证据法学研究进路的多元化，进而有助于我国证据法学研究范式的转换：摒弃传统的单一法学研究范式的旧框框，实现研究范式的大综合或者总体性转换；既要坚持马克思主义法学研究的基本立场，又要不断吸收西方现代法学和社会科学的最新研究成果。证据法学的研究方法转型问题，表现在研究方法上，与传统证据法学者相区分，除了以往的历史分析、比较分析、实践分析（非典型意义的实证分析）等方法之外，应综合采用新型的研究方法，如分析法学的研究方法、法律逻辑学的研究方法、制度经济学的研究方法、典型意义的实证研究方法等来探析证据法学中的理论与实践问题，以获得更富有创新性和有说服力的成果。
至此，我们可以得出这样的结论：证据法学的理论基础是一个复杂的法律规范系统，过分单一的基础，难以支撑这个复杂和庞大的法律建筑，因此应当以多元化的视角和思维，探讨和考虑建立我国证据法学应当遵循的理论基础。这种多元化的视角和思维，首先是证据法学理论基础的多元化；其次是价值论上的多元化和在认识论上坚持马克思主义法学研究的基本立场并在对待证据法研究具体问题上借鉴现代认识理论的最新成果。当然，在整个证据法学的研究进路、方法上也应当多元，以推动我国证据法学研究范式的转换和新型的研究方法的采用。
