应当说，我国《行政诉讼法》所确定的司法审查标准，基本上适应了我国司法审查制度刚刚起步的现实，对于有效制约行政权的行使，保障公民、法人或其他组织的合法权益发挥了积极的作用。但是，我国行政诉讼审查的标准并不是没有问题的，结合我国的司法实践，我国行政诉讼审查标准存在的问题主要有以下几个方面：
（一）行政诉讼审查不分案件性质，均采用了全面、严格的审查标准，缺乏适当的灵活性。
对事实问题的审查，我国《行政诉讼法》规定了非常宽泛、严格的审查标准，即主要证据是否确凿、充分，它包含着对证据质与量两个方面的要求。它要求法院不仅要对承担举证责任的人提供的证据进行全面的审查判断，而且必要时可以主动收集证据或要求当事人补充证据；不仅要审查事实的合理性，而且要审查事实的正确性。这一审查标准是我国职权主义诉讼模式追求客观真实与实事求是的诉讼理念的产物。对于法律问题，我国《行政诉讼法》也规定了严格的司法审查标准，如适用法律、法规是否正确、是否符合法定程序等。“在我国司法实践中，法院对行政行为法律适用的审查标准应归为严格标准，法院往往是用自己对法律规范的理解和选择来衡量行政机关对法律规范的适用，在此基础上作出合法与否的判断。”[13]
对行政行为的事实问题与法律问题实施严格的、同等强度的司法审查，其弊端也是明显的。一方面混淆了行政权与司法权的本质区别，致使法院通常要以自己对事实的判断来衡量行政机关对事实的判断，另一方面也不利于发挥行政机关与法院的各自优势，不利于提高诉讼效率和调动行政机关的积极性。而实际情况是，由于行政事务的专业性、技术性、政策性等特点，决定了在很多时候法院对事实和法律的认辨能力并不一定比行政机关高明。因此，对法律问题与事实问题进行适当区分，确立灵活的司法审查标准，便显得尤为重要。
（二）对行政行为的程序审查仅仅局限于“法定”程序的审查。
根据《行政诉讼法》第54条的规定，具体行政行为违反法定程序的，人民法院应判决撤销或部分撤销，并可判决被告重新作出具体行政行为。这样就仅把法定程序作为行政诉讼程序审查的标准。我国《行政诉讼法》对行政行为合法性的审查的标准存在某种形式法治的倾向。法院在审查行政行为之时，只就法律要求进行合规则式的判断审查，无法保证行政行为实质意义上的公正与合理。形式法治主义的表现就是在司法实践中的法条主义，即对法律的适用仅仅局限在对法律的形式性理解上，而不考虑法律的正义与价值。行政程序除了法定程序外，还包括非法定程序。《行政诉讼法》把法定程序作为司法审查的标准，表明法院对于没有违反法定程序但是违反了非法定程序的行政行为不能撤销。目前，在我国司法实践中，违反非法定程序的现象还是比较普遍的，这主要是因为我国现行行政程序立法极不完善，除了《行政处罚法》、《行政许可法》规定了行政处罚与许可行为应遵循的程序，其他大多数行政行为尚缺乏严格的程序性规定。例如，在刘燕文诉北京大学不予授予博士学位一案中，被告是依据1981年的《学位条例》作出的决定，这一条例就根本没有听证、说明理由等保护学生权益的程序，因此，被告认为自己没有听证、也没有说明理由是不违背法定程序的，但是这明显地违背了正当法律程序的要求。实际上，即使将来我国制定了统一的行政程序法，由于现实情况的复杂多样以及立法技术、立法者认知能力的局限等因素，行政程序立法也不可能十全十美，必然会有程序方面漏洞。因此，如果仅以法定程序作为行政诉讼审查的程序性标准，那么我国司法审查的程序标准将过于狭窄，不能给予相对人应有的司法救济。
