上述四项权能之间的逻辑关系有所区分。前两者属于公诉权的工具性权能，是基于法律本身的特点而形成的权能；后两者是公诉权的目的性权能，是基于公诉权的社会价值而形成的权能。两者之间互相配合，缺一不可。公诉权在行使过程中，可能会涉及一项权能，也可能涉及多项权能，但是由于社会需要的多变性，公诉权在行使过程中，有时必然会有所偏重。而这种偏重，必然会产生公诉专业化的现实需要。
2 公诉专业化的系统构建
公诉专业化是一个系统工程，必须形成整体思路。因为“克服片面性的最有效的方法就是恢复事物的本来面目———全面性、完整性、整体性。惟其如此，才能具有准确性”。[19]在推进路径上，应当在公诉权能合理细化的基础上，坚持构建公诉权主体、公诉权行使程序和辅助机制相互协调的司法运行状态。
第一，确立系统化进路的核心。系统化的发展必须要有一个可以围绕其进行的核心，这个核心存在，是保证系统元素同质性的根本。[20]因此，我们在对公诉主体和公诉程序进行专业化建设的时候，必须紧紧围绕公诉权能这个核心来进行。只有这样，才能使公诉专业化的各个要素实现链接，消除无序状态。
第二，合理整合检力资源。人力资源是一个单位、一个部门圆满完成任务、保持持久竞争优势的原动力。为了实现公诉专业化建设，必须要对检力资源进行合理的配置，从而实现公诉专业化建设的主体保障。在公诉检力资源的配置上，应当在现有处室职权划分的基础上，强化专业化办案组处理案件的能力，同时应当根据不同的公诉权能，对现有公诉部门进行合理调整。具体方案如下：从公诉处室的设置上，根据不同的公诉权能，设置相对独立的几个处室，分别管辖适用普通程序的严重刑事犯罪、经济犯罪和职务犯罪、轻微刑事案件和未成年人案件。这种划分的根据是，上述几类犯罪所侵害的社会权益不同，在适用刑事司法政策和诉讼程序上也各有不同。这种相对独立的处室，有利于对不同的利益主体进行有针对性的保护，具有较大的科学性。
从专业化队伍建设上，以现有的专业化办案组为基础，适当突破依据罪名分类的局面，根据不同公诉权能，在不同的处室内设置相应的专业化办案组。例如，在办理严重刑事犯罪的处室内，依据不同罪名设置办案组；在轻微刑事案件的处室，设立刑事和解办案组、简易程序办案组等。这种专业化办案组有利于灵活掌握和正确适用“宽严相济”、“恢复性司法”等刑事司法政策。
此外，由于公诉机关承担着监督审判、提起抗诉的职能，因此为了保证集中力量实现诉讼监督的权能，可以考虑在公诉部门设立专门的判决审查组，集中对法院认定犯罪事实和适用法律的状况进行专项审查，以保证审判的公正性。同时，对于一段时间内集中出现的问题，可以发挥类案监督的效果，统一法律适用标准，对办案形成指导性意见。
