笔者认为，流域产业布局中的生态补偿主体应当是政府、社会和个人。除纵向的补偿外，更应当强调横向补偿，因为纵向的生态补偿“存在资金来源单一、环境资源定价低以及权责利脱节等弊端。[17]”流域产业布局中的生态补偿的方式除财政转移支付外，更应当发展可以促进地方经济发展的其他方式，因为目前流域内各地方政府之所以不顾流域水生态环境而发展严重污染性产业，是为了要发展本地经济，让本地人民富起来。因此，转移支付的方式或给予如退耕还林补偿金等方式，只能让当地人民“活下来“，但不能让他们“富起来”。地方政府也无业绩可言。因此，应当大力开展互利性的可持续发展的生态补偿方式，主要有：（1）产业对口支援制度。5.12大地震后，产生了一种新的重建模式——对囗支援。这种模式的产生不仅告诉我们生态补偿可以选择类似的方式，而且告诉我们产业对囗支援方式是可行的。产业对囗支援即中下游地区应当对囗给予流域上游地区发展产业方面的资金、技术等方面的援助。（2）劳务输入制度，即受偿地区将劳动输送到补偿地区，补偿地区应当采取措施在同等条件下优先录用受偿地区的劳动者。5.12大地震后，全国各地一些地方对来自灾区的劳动者优先录用证明了这种制度的可行性。但这种制度目前面临的法律困境是＜劳动法＞等规定的劳动者的平等就业权，因此，是摆脱法律的困境，就需要通过立法，确立劳务输入制度作为生态补偿的方式的合法性，而且必须在法律层面来确定。（3）产品对囗输入制度，即补偿主体应当通过向受偿地区定向输入受偿区缺失的商品，以满足受偿主体的需要。定向输入商品应当理解为补偿地区向受偿区的输入是法律义务，必须将受偿区与补偿区同等对待；并且输入商品的价格应当有所优惠，诚如5.12大地震后各省对灾区的对囗援助一样。
5、违反流域产业布局规划的法律责任
“中国有些投资企业有一个不好的习惯，就是事前与部门领导通气，得到部门或者领导支持的态度后，便不顾法律规定的存在（如事前审批程序等），违法施工，先把项目搞成“既成事实”，然后再报批，这种现象在土地、建设、环保等审批领域非常普遍。[18]”其实,这种现象的产生也与我国法律制度设计缺陷有关。因为我国有关产业布局规划和其他流域规划、水功能规划法律法规规定,对违反规划的，除给予相关部门责任人予以处分外，一般并没有要求建设单位承担恢复原状、赔偿损害的民事责任[7]，《
城乡规划法》第
64条特别规定建设单位“未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正。”有这样的法律制度设计,地方政府自然与建设单位结为利益同盟者，共同对抗流域产业布局法和流域管理机构，其他公共权力机构。
为了让流域产业布局规划能得到各地方政府的严格遵守，需要重建地方政府与建设单位，其他主体之间的权力结构。为此，需要加大违法成本和对违法的惩治力度，其中重要的就是在建立违法建设单位承担恢复原状、赔偿损害等责任。所谓恢复原状即违反流域产业布局法的项目已经开始建设，或者已建成投产，都应当恢复到建设前的状态，而无论是符合产业布局规划但没有办理环境评价、申报等手续即形式上不合法；还是经过地方政府有关部门的批准，但违反了流域产业布局法规定，即形式合法而实质不合法，都可以由流域管理机构或国家环境保护部门代表流域公共利益通过民事诉讼要求建设单位恢复原状，造成损害的，还要求赔偿损害。并且应当通过立法规定建设单位的任何损失均不能要求政府承担国家赔偿责任，因为如果损失由批准部门承担，那么建设者就会有恃无恐，甚至怂勇地方政府违法批准违反产业布局的产业建设项目申请。
