从“生态--经济--社会”大系统观念出发，西部资源调配生态补偿的理论基础有以下内容：

（一）主体功能区划理论

　　主体功能区划是根据区域发展基础、资源环境承载能力以及在不同层次区域中的战略地位等，对区域发展理念、方向和模式等进行类型化的政策和制度。国家“十一五”规划纲要明确提出“根据资源环境承载能力、现有开发密度和发展潜力，统筹考虑未来我国人口分布、经济布局、国土利用和城镇化格局，将国土空间划分为优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发四类主体功能区。”根据国家《“十一五”规划纲要》和西部大开发“十一五”规划，全国22个限制开发区，18个在西部。全国243个国家级自然保护区，127个在西部；全国31处世界文化自然遗产，11处在西部； 565个国家森林公园，223个在西部；138个国家地质公园， 52个在西部。西部地区在我国主体功能区划中，承担的是生态系统服务功能的提供区域或“代价付出区”，不仅承担了生态环境建设的成本，且因主体功能区划发展要求而限制了许多经济产业尤其工业的发展，丧失了相应的发展机会。按照区域分工理论，西部为全国提供的生态功能专业化服务，而生态服务和产品具有稀缺性，这种生态效益的溢出效益理应得到生态系统服务功能的“生态收益区”的补偿，以实现西部生态服务功能的可持续供给。因此，在同一江河流域和生态效益经济体系内，受上游封山育林、退耕还林等生态建设恩惠的中下游地区，以及南水北调、西电东送、西气东输等跨区域资源调配工程资源输入区，应从GDP或地方财政中拿出一定比例资金，返回西部上游地区或资源输出地区，建立区域间横向财政转移支付机制，专门用于西部生态建设和产业结构调整，以实现我国主体功能区划的战略构想。

（二）生态系统服务补偿理论

　　生态系统服务补偿（Payment for Ecological/ Environmental Services，PES）是近年为建立生态保护和恢复机制而提出了一个新的理念，指由生态服务的受益者对提供者进行补偿。

　　生态系统服务补偿理念是建立在生态系统服务概念之上的。千年生态系统评估(MA)项目对生态系统服务给出了一个综合性的定义，即生态系统服务是指人类从生态系统获得的各种惠益。[2]根据生态系统服务的功能，MA又把生态系统服务划分为供给服务、调节服务、文化服务和支持服务4大类型(表1：生态系统服务 Ecosystem Services)。