《非洲商法协调组织条约》规定，司法与仲裁共同法院的职能有两种：即司法职能和仲裁职能。此外，为实施条约而制定的《程序规则》和《仲裁规则》对这两种职能做了详细规定。

　　（1）司法职能

　　司法与仲裁共同法院的司法职能包括咨询管辖权和争议管辖权。根据条约规定，司法与仲裁共同法院的咨询管辖权有三类：（1）在统一法提交给部长委员会批准前对统一法草案提出咨询意见的管辖权；（2）对任何成员国或部长委员会有关《非洲商法协调组织条约》、实施该条约的规章或统一法的适用或解释的任何问题发表咨询意见的管辖权；（3）对成员国国内法院审理涉及非洲商法协调组织立法的适用及其解释的案件发表咨询意见的管辖权。它作出的咨询意见及解释不具有约束力，不过，实践中成员国国内法院不可能对这些意见置若罔闻，特别是，由于成员国国内法院作出的涉及该组织立法的判决可最终上诉至该法院，如果该判决与其意见相冲突，就可能被撤销。

　　根据《非洲商法协调组织条约》第14条的规定，司法与仲裁共同法院的争议管辖权是指，它对涉及非洲商法协调组织统一法调整的所有商事事项具有管辖权。不过，它只能作为最高上诉机构行使管辖权（但刑事事项除外，成员国国内法院对此仍有专属管辖权）。也就是说，它只能受理成员国国内上诉法院处理过的涉及统一法适用及解释的案件。这是为了确保统一法在各成员国内得到一致适用。

　　可通过下列任一方式向司法与仲裁共同法院提起诉讼：（1）由当事人直接提起，如果他希望对成员国国内上诉法院作出的涉及统一法适用的判决提起上诉。当事人必须在收到国内上诉法院判决的两个月内向司法与仲裁共同法院书记处提起上诉。如果司法与仲裁共同法院撤销国内法院的判决，它可对案件重新审理。（2）由希望对国内最高法院管辖权提出异议的当事人直接提起，如果他未能使该法院信服司法与仲裁共同法院对该案件有管辖权。上诉必须在收到国内法院裁决通知的两个月内提出。如果司法与仲裁共同法院裁定国内法院没有管辖权，它就可判定国内法院的裁决无效。（3）由成员国国内最高法院提起，如果由于案件涉及统一法的适用，它认为自己没有管辖权。在这种情况下，成员国国内最高法院的诉讼程序自动终止。如果司法与仲裁共同法院查明自己无权审理该案，它就会将该案退给国内法院，由该法院对案件进行审理。

　　司法与仲裁共同法院的判决是终局的、具有约束力，不得对其提出上诉。成员国应保证判决能在各自的领域内得到执行，判决的执行应遵守被请求执行地国的民事程序规则。被请求执行地国的主管机关在收到执行判决的请求后，必须作出一个执行令，它只能对提交的判决书的真实性进行确认，而不得对其内容做实质审查。