最后，社会保障基金理事会根据《
国务院办公厅关于印发全国社会保障基金理事会职能配置、内设机构和人员编制规定的通知》（国办发(2000)72号）的规定，为国务院直属事业单位，受国务院委托，管理中央集中的社会保障基金。其理事长、副理事长由国务院任命，理事由国务院聘任。
分析至此，可以看出人力资源与社会保障部作为公部门对于医保制度的建立和运行都介入很深，不仅制定政策和规则，还透过下设事业单位执行这些政策，同时又自居于监督者的地位，对经办机构、参保单位和人员进行监督。规定的字里行间我们似乎也能看到一些内部与外部的监督和制衡，比如上面提到的财政部和卫生部的联合发文，又如医疗保险基金由医疗保险基金监督组织进行社会监督等。然而这些管道似乎都无法左右医保政策制定的源头，也无进行实质有力监督的制度设计，可以说，目前的制度仍处于对于医保政策高度集权，行政主导的状态。
进一步看管制主体间的关系，我们发现社保基金（包括了医疗保险基金）似乎存在多头管理或管理权属不清的情况。在国务院规定社保经办机构负责医疗保险基金的筹集、管理和支付的情况下，社保基金理事会又横空出世，受国务院委托管理中央的社保基金。不仅如此，《
社会保险费征缴暂行条例》又规定社会保险费的征收机构由省、自治区、直辖市人民政府规定，可以由税务机关征收，也可以由劳动保障行政部门按照国务院规定设立的社会保险经办机构（以下简称社会保险经办机构）征收。
此外，对于社保基金的监督和管理，《
国务院关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》规定，各级劳动保障和财政部门，要加强对基本医疗保险基金的监督管理。审计部门要定期对社会保险经办机构的基金收支情况和管理情况进行审计。统筹地区应设立由政府有关部门代表、用人单位代表、医疗机构代表、工会代表和有关专家参加的医疗保险基金监督组织，加强对基本医疗保险基金的社会监督。与此同时，《
社会保险费征缴暂行条例》又明确规定：“社会保险基金实行收支两条线管理，由财政部门依法进行监督。”因此，社保基金的管理和监督作为医保制度运行的核心问题，其职权的归属在多个文件的规定中存在出入。职能的交叉重叠只会带来效能的减弱与行政成本的上升。而效能减弱所带来的基金管理的问题则事关整个医保制度的良好运行。
