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大象不敌小老鼠
软件专利诉讼中，如果是小公司和大公司之间纠纷，往往是大公司成为被告。在软件专利领域，大公司通过分发律师函就可以向小公司收取大量许可费；相反，要想从大公司收取专利使用费，小公司主要得依靠专利侵权诉讼。1999年1月，CIVIX－DDI LLC在丹佛联邦地区法院控告微软、美国在线、雅虎侵犯了其制图软件专利。1999年4月，Thomas D.Peterson用1996年授权的一项软件专利在加州奥克兰联邦地区法院控告微软公司。此外，Priceline.com曾以互联网反向拍卖方法专利，网络商务公司曾以“在互联网上销售软件、数字音乐和数字视频的方法专利”起诉侵权公司。这些攻击微软的专利权人都是小公司，其中某些小公司甚至对微软造成了巨大威胁。2004年，在用一项“把互动元素插入Web网页”的技术专利攻击微软公司，并寻求5亿多美元赔偿金的诉讼中，仅有一名雇员、七项专利的美国Eolas公司在初审裁决中胜诉。2004年，曾经用一项“音乐、电影等数字作品的防盗版技术专利”控告微软公司侵权的InterTrust技术公司接受了被告的和解要求。根据和解协议，微软公司将向InterTrust技术公司支付4.4亿美元专利使用费。该案原告总共只有35名雇员、31项美国专利。在小公司攻击大公司的专利诉讼中，前者获得赔偿的案件基本上都是和解结案。因此，小公司虽然可能拿到和解赔偿金，但有趣的是，没有法院文件能分析大公司是否缴纳了冤枉钱。
专利预警失灵
目前，围绕基础专利产生的专利诉讼较多。eSpeed公司诉OMHEX案使用了电子证券专利；Xerox公司诉PalmOne公司案使用了单笔手写识别软件专利；Networks诉Forgent等31家公司案使用了存储数字图片和图像的压缩方法专利； Merc Exchange LLC诉eBay公司案使用了两个电子商务方法专利；网络工程软件公司诉eBay案使用了张贴用户拍卖信息的计算机程序专利；Wang实验公司诉微软案使用了目标链接与嵌入技术专利；Dell MicroUnity系统工程公司诉 Intel案使用了多媒体计算技术专利；AT＆T公司诉微软公司案使用了人声互联网传输加速技术专利。这些专利都属于相关领域的基础专利。
原来，专利诉讼发生时间往往与专利申请、授权时间相差很远。这样，基础专利将有充分的时间被大量在后的专利文献所引用。通过分析引证率，人们较容易甄别基础专利，并对相关企业发出预警信号。但是，在软件专利领域，上述时间差大大缩短了。1998年，Telemac公司用第5577100号美国专利（便携电话预付款帐户管理软件专利）控告Topp Telecom公司侵权。这个专利的申请日为1995年1月30日，授权日为1996年11月19日，最大时间差不超过4年。1999年4月，发明人Juliette Harrington获得了一项美国专利，该技术使在线用户能够用一个通用的虚拟购物车从不同的网站采购商品和服务，最后仅仅在一个地方付款。当年7月，SBH公司代表她把雅虎公司告上法庭，相关时间差不超过4个月。这种时间差的缩短减少了基础专利在侵权诉讼发生前的被引证机会，不利于企业通过分析引证率来实施专利预警。不少企业莫名其妙地被告上了法庭。
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