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同时，为了为在奥运会期间设立特别仲裁分院打下根据，国际奥委会第106会议对奥林匹克宪章做了修改，修改后的宪章的第49条附则第5段5.1关于运动员签字的准入表应当包括参赛资格条件和下列声明：“我同意遵守现行有效的奥林匹克宪章，尤其是有关奥运会参赛资格（包括第45条及其附则），国际奥委会药物准则（第48条），大众媒体（第59条及其附则），有关在奥运会上穿着和使用的衣服及设备上的商标的辨认（第61条附则第1段）以及由国际体育仲裁院仲裁体育争议的奥林匹克宪章的规定。”[14]
国际奥委会通过国际体育仲裁院有义务创立一个迅速和有效解决“奥林匹克”争议的决议后，在1995年国际奥委会修改了其宪章，增加了第74条，该条规定：“在奥运会上发生的或者与奥运会有关的任何争议都应当交由国际体育仲裁院根据体育仲裁规则专属解决。”在亚特兰大百年奥运会上，国际体育仲裁院在奥运会的历史上第一次在奥林匹克城设立了解决在奥运会期间发生的体育争议的特别仲裁分院。特别仲裁分院的设立是与国际体育仲裁院向运动员和其他奥运会参加者提供一个明确解决争议以及跟上体育比赛节奏的权威机构的目标相一致的。为了使其裁决能够适用于所有的参与者，国际体育仲裁院所进行的程序和组织工作必须符合基本法律原则。[15]随后，基于同样的法律根据，国际体育仲裁理事会又分别在1998年第18届长野冬季奥运会和英联邦科伦坡运动会、2000年悉尼奥运会、2002年的盐湖城冬奥会上设立了国际体育仲裁院特别仲裁分院。
奥运会特别仲裁分院适用的是国际体育仲裁理事会根据体育仲裁规则第S6.8条的规定专门为奥运会的召开而制定的奥运仲裁规范，最初是每逢奥运会就制定一次，在2003年底国际体育仲裁理事会专门制定了解决奥运会争议的特别仲裁规则。最初制定的几次奥运仲裁规范的内容大同小异，只是在一些具体条文上有些不同。该仲裁规范是国际体育仲裁院体育仲裁规则不可分割的一部分。然而，国际体育仲裁院特别仲裁分院的仲裁专门适用奥林匹克仲裁规范，而不适用体育仲裁规则的其他条款。不过，倘若体育仲裁规则规定的解决方法与特别仲裁分院程序的特别约束尤其是时间的强制性规定相一致的话的，当然，在奥林匹克仲裁规范没有规定的时候仲裁员也可以援引体育仲裁规则作为指导。[16]
另外一个关于兴奋剂的问题在奥运会上也得到了发展。在最近几年，体育运动中的兴奋剂问题得到了公众的关注。国家和体育组织发誓要同兴奋剂作斗争。因此，在悉尼奥运会上，由国际奥委会创建并提供保护和资金的世界反兴奋剂组织最终赢得了各国政府的支持，指派了独立观察员参加奥运会，实现了对违禁药的控制。[10]为履行其职责，它要求列席所有的国际体育仲裁院特别仲裁分院仲裁的涉及兴奋剂问题的争议。尽管国际体育仲裁院在奥运会上的仲裁因为公众感兴趣的原因而不是保密的，但是裁决过程是不对公众开放的。因为这个原因特别仲裁分院没有拒绝世界反兴奋剂机构的请求，相反却讨论了世界反兴奋剂机构的特殊观察员地位，只要当事人同意并且世界反兴奋剂机构做出某种程度的保密承诺后允许其参加裁决过程。
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