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(二)牢房
江户的牢厉，庆长年间迁于小传马町，明治维新后的明治政府，将它继承下来，一直沿用到1875年9月。牢房的原则，杂居、拘役。它所收容的人员，是正在进行刑事审讯过程中的被调查者。在审讯时，对于被调查者加以拷问。可见，牢房主要起着对于未决犯拘留所的作用。此外，牢房还起着对于宣告有罪的犯人，直至执行流放时为止的拘留所作用。此外，它还关押因为过失和怠慢等轻微罪行而被罚款的犯人。由此可见，在大多数场合，牢房是作为对于未决嫌疑者和被告人拘留的场所而存在的。幕府公开承认，没有极端暴虐的牢房头目，是不能进行统治的。据说：“在江户没有没进过牢房的男人，当然更没有没见过牢房的男人”。牢房就是“人间地狱”。
日本牢房，是施加酷刑拷问的场所。在有罪推定思想支配下，将相当多的嫌疑者和被告人，关押在恶劣生活条件的牢房，施加酷刑，进行拷问，以便逼迫招供。尽管明治以来，日本刑罚已近代化，但是搜查的警宪，仍然利用警察设施，作为代用监狱，统治着嫌疑者和被告人的全部生活。显而易见，只要残存着代用监狱，进行拷问，强迫招供等等侵犯人权的勾当，就必然发生。所以代用监狱是侵犯人权的温床。
(三)苦力收容所
如上所述，早期的苦力收容所是一种行政性的保安处分。它的直接目的，是肃清充满江户的“无住所”的劳动人民，以便使“无住所”的劳动人民，在江户重新定居下来。但是，自1820年收容被宣告判处驱逐出江户以上流放刑者以来，它开始变成执行自由刑的场所。1841年由于水野忠邦进行天保改革，对于苦力的劳动，更加繁重，以致使苦力遭受刑罚性的痛苦。例如在增加劳动收益的名义下，采取“绞油”等重体力劳动。共结果，收容所不仅具有保安处分的性质，而且增添了色彩浓重的惩罚监狱的性质。
是否可以将这种具有半保安处分性质和半惩罚监狱性质的设施——苦力收容所，评价力日本“近代化”刑罚的发展呢？首先必须考虑的一个问题，就是“近代化”刑罚的标准问题。在刑罚方面来说，近代化刑罚要求体现人权思想和人道主义。所以对于上面所说的阿姆斯特丹惩役监的评价，同样都存在着疑问。因为人权保障，不以废除残酷刑罚作为前提，那是不能成立的，这是一个不可动摇的原则。所以进行所谓自上而下的行政保安处分，着重进行?“感化教育”就可以评价为近代化刑罚，那是困难的。
三、明治维新制定监狱规章时期
明治维新以后直至1908年公布监狱法为止，是日本刑罚制度的过渡时期。在这个时期里，可以分为：(一)1872年以前——暂行刑律、新律纲领时期；(二)1872年制定监狱规章时期；(三)1882年修改监狱规章时期；(四)1899年修改监狱规章时期。
(一)1872年以前——暂行刑律、新律纲领时期。
这一时期，是废除江户时代惨酷刑罚和流放刑的时期。它是日本刑罚制度走向自由刑和劳役刑为中心的过渡时期。它在日本刑罚史上，由于采取了如下的一些措施，可以称做刑罚人道化的时期。
根据1868年10月30日公布的行政官916号布告，新政府刑事政策的根本方针，主要内容是大力限制磔刑，废除火刑和流放刑，变更流放刑地点等等。同时，也规定了新政府《暂行刑律》的宗旨：“直到目前所发生的事件”，旧幕府处理公事的《御定书百条》，仍然有效。
继而在1870年3月20日，日本政府采取明、清律，制定了新律纲领。新律纲领规定的刑罚为笞、杖、徒、流等五种刑罚，共20等级。作为被判处徒刑者的囚禁场所——苦力收容所，改称为徒场，实行强制劳动。
在新律纲领公布前后，采取了彻底地宽刑主义，逐渐废除了游街、日晒、锯刑、枭道、没收土地和财产、流、刺墨等等残酷刑罚。凡被判处流放刑者，发配到北海道，存在实际困难，可以改判徒刑。另外，江户时代的笞刑仍然保存下来，直到1873年4月制定了惩役法，才被废除。这样，日本的刑罚，才形成以劳役刑、自由刑为中心的刑罚体系。
虽然废除江户时代的身体刑、流放刑，可以说在一定程度上，已走向刑罚的人道化。但是，生命刑还保留了死刑，而且在自由刑执行过程中，受刑者的人权，还远远未能得到保障?在执行自由刑时，经常出现种种侵犯法律规定的犯人应该享受的权利。
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