所以，我国刑事诉讼制度改革在人权保护向度上的努力虽值得肯定，但从刑事司法的国际标准和刑事诉讼世界发展趋势的角度考察，个人权利的空间拓展的不足与局限也是显而易见的。
（二）新法内部的冲突与矛盾
不同的诉讼理念规范与形塑着不同诉讼原则与要求。根据犯罪控制观，刑事诉讼的立法和司法都必须贯彻以下几项原则：其一，自由裁量原则。该原则允许国家司法机关为查明真相，有效打击犯罪，可以根据自己的判断和意愿，在一定条件下自由斟酌其诉讼行为的范围和方式，其它机关无权干预。其二，配合原则，它要求分担侦查、起诉和审判职能的不同机关，应本着打击犯罪，维护安全价值的宗旨，在诉讼中协同作战，互相配合，以发挥整体优势，有效追究、惩罚犯罪。在配合原则的理念中，权力是整体的，司法权力与行政权力并没有太大的区别，它们都服从于同样一个国家整体的治理目标。它们都是善的，不可能作恶，即使出现了恶的情况，对于国家的整体治理目标而言，也是非常微小以致于可以忽略不计的。其三，权利有限原则。它指涉讼公民主要是犯罪嫌疑人、被告人在诉讼中的权利受到相当限制，被告人往往被剥夺了一般公民所能享有的许多权利，以防止其利用赋予的权利抵御司法追究，逃避应得惩罚。其四，效率原则。这一原则是旨在以尽可能少的司法资源投入获得尽可能多的刑罚效益，要达到这个目的就要求尽量减少行使权力的障碍。相反，根据权利保障观念，刑事程序的立法和司法应贯彻如下原则：其一，保护原则。该原则的基本内容是，涉讼公民主要是犯罪嫌疑人、被告人在刑事诉讼中享有一系列权利，国家机关应予尊重和保护，不得非法侵犯和限制。其二，权力有限原则。它严格禁止采用许多诉讼手段，而另一些司法手段则必须在满足一定严格条件下才能有限使用。其三，制约原则。它要求司法机关彼此间应建立和保持监督关系，随时注意纠正他机关工作中的错误。制约原则对国家权力的基本假设是，各种基本的国家权力是独立的，独立目的之合法性既在于它们的性质和治理的对象不同，更在于它们之间必须相互牵制以协调各种权力之间的对比，使任何一种权力都不至于过大。相对个人而言，这种制衡实际上是削弱了国家的力量，使得个人有机会伸张自己的权利。因此制约原则对任何权力的假设都是建立在权力恶的基础上的，它最为担心的就是出现一个巨大的利维坦。其四，公正原则。它要求法官中立，控辩平等。7 显然，这两种诉讼理念存在着深刻的矛盾，要想将两种截然不同诉讼理念熔铸于同一法律体系中并不是一件容易的事，如果在立法层面没有协调好二者的矛盾，那么在司法中就极有可能顾此失彼。
对于新
刑事诉讼法的指导思想，中国的权威机关宣称：既要"保证准确、及时地查明犯罪事实，正确应用法律，惩罚犯罪分子"，又要"保障无罪的人不受追究"，"保护公民人身权利、民主权利和其他权利"。8 从这种官方表达的表面来看，中国
刑事诉讼法似乎做到了犯罪控制与权利保障的"有机结合"，但从法典文本上看，诉讼价值的冲突并没有得到妥善的协调，其突出表现是：
首先是侦查制度内部的冲突。新法对侦查制度没有作多少改动，基本上保持了传统的审问式侦查模式，但是就仅有的一些改革措施而言，其价值诉求的冲突也是非常显明的。例如，立法者一方面通过采取取消收容审查、赋予犯罪嫌疑人律师帮助权等措施，以加强人权保障；另一方面，又通过降低逮捕条件、延长拘留时间、对律师帮助实施多重限制等措施，以利于打击犯罪。
其次是侦查制度与审判制度的冲突。在某种意义上，现代国家的侦查与审判制度都有某种整合关系，都依照同一理念而运作，从而达到侦查与审判运作机制的相对协调。这在法治发达国家尤其明显。因而，法治国家的侦查在相当程度上都是按照“诉讼”（三角结构）形态所建构的，而审判构造也同样体现了一种三方鼎立的三角结构，尽管还有职权主义和当事人主义之分。由此，侦查与审判基于理念的相同与相似手段的采用便不至南辕北辙。然而，这一状况在改革后的中国立法文本中却开始呈现断裂与紧张。究其原因，改革前后的中国侦查程序基本上都是一种单方面的行政式活动。尽管新法加强了检察机关对侦查活动的"法律监督"，但由于检察机关在刑事诉讼中的基本角色与公安机关是一致的，都属于国家的犯罪追诉机关，它对侦查活动的实质性控制作用有限；然而，改革后的审判制度都因为强职权因素的淡化而开始呈现相对均衡的三角构造。这便导致侦查的双方结构与审判的三角结构的强烈冲突。因为，由两种不同观念形塑的阶段性诉讼结构很难对接运作。这便直接导致操作机制的相互抵牾。如庭前口供的命运在新体制下便受到到冲击。同样，由于受侦查制度的桎梏，被告方在法庭上的抗争很可能处于"仓促上阵"和"无米之炊"的状态，庭审仍然免不了是走过场。
再次是审判制度内部的冲突。庭审中的制度性冲突主要有两方面：一是，公诉人和被告人在法庭调查中的主客体地位不符合当事人主义的平等对抗要求。在当事人主义诉讼模式中，被告人是诉讼主体，不会有强制性的"讯问被告人"的作法。新刑诉在采用具有当事人主义特征的庭审方式的同时，却仍然保留了"讯问被告人"的制度，只不过是将法官主问改为公诉人主问（第155条）。这一制度变通，使法官在一定程度上符合了当事人主义模式的角色要求，但是它却继续使公诉人和被告人在法庭调查中成了一种主体和客体的关系，这显然有悖于当事人主义的平等对抗精神。二是，法官主导庭审与控辩对抗的矛盾。新的"控辩式"庭审方式允许控辩双方举证、辩论（第160条），但与此同时，立法又沿袭了大量基于犯罪控制需要的职权主义内容，如规定审判人员庭前可以审查案卷材料（第150条），庭审中可以询问证人、鉴定人（第156条）；法院有权使用书面证据（第157条），有权调查核实证据和进行勘验、检查、扣押、鉴定和查询、冻结（第158条）等。由于法律要求法院与检察院之间要"互相配合"，政策要求其担当起控制犯罪的职责，所以，在法庭审判中，法院与控方的关系并不是那么泾渭分明的（裁、控分离），而是暧昧地纠结在一起的，在这种情况下，法官职权的积极行使在事实上极容易造成控审双方共同对付被告方的局面，这样，当事人主义因素就可能被消解殆尽，导致所谓的"控辩式"庭审不伦不类，既无当事人主义之"神"，甚至也没有当事人主义之"形"。
（三）改革的诸多举措在实践层面未能实现
中国刑诉法实施近五年以来的实践表明，新刑诉法的贯彻运行并未达到改革的预期效果，当初立法层寄予厚望的改革措施流于形式者居多，保护个人权利的价值诉求难以兑现。
在侦查阶段的突出问题有：第一，尽管新刑诉法规定律师可以在犯罪嫌疑人被侦查机关第一次讯问后或者采取强制措施之日起，可以为犯罪嫌疑人提供咨询、代理申诉等法律帮助活动，但在实践中侦查机关常常以种种理由拒绝律师的介入，或是对其权利进行限制。这方面的主要问题是律师会见犯罪嫌疑人较为困难：一是，会见的时间、次数受到限制。如有的地方的看守所限定只能会见两次，有的地方甚至规定只有一次，或者每次会见的时间不超过一小时或半小时，有的甚至规定每次会见的时间不超过15分钟。9 二是，会见的一举一动都受到录音、录像或"派员在场"等方式的秘密或公开监控，这使得秘密交流无法得到保护，会见的意义大为降低，与国际法律文件的有关规定也是相背离的（联合国《囚犯待遇最低限度标准规则》和《保护所有遭受任何形式拘留或监禁的人的原则》均明确规定，犯罪嫌疑人、被告人在会见律师时，警察或监所人员可以用目光监视，但不得在可以听到谈话的距离以内）。三是，侦查机关以国家秘密甚或侦查秘密为由，拒绝律师会见委托人。例如，某市自刑事诉讼法修改实施以来，犯罪嫌疑人申请聘请律师的案件，约有80%到90%被办案部门以涉及国家秘密为由，作了不批准会见的决定。10 四是，主管部门通过自己制定的各种"会见规定"，给律师的会见权利设置种种障碍，例如，《
公安机关办理刑事案件程序规定》第
48条规定："律师会见在押犯罪嫌疑人，违反法律规定或者会见场所的规定时，在场民警应当制止，必要时，可以决定停止本次会见。"《
人民检察院刑事诉讼规则》第
153条、第
154条也规定律师应当遵守监管场所和有关机关关于会见的规定。
