事实上作者选出的这六位举足轻重的人物虽然包括有皇帝、政治家、军事家和思想家，但他们显然都对当时的政治有着极其深刻的影响，不仅如此，他们当中的大多数都是带有悲剧色彩的人物。选择这些历史人物，就不仅要能够表现万历朝的历史，而且要能够表现出万历朝的那种英雄气短的末世之态。
书中几乎所有的章节都围绕着这样一种政治情结，在《世间已无张居正》一章的开首便这样写道：“居正的不在人间，使我们这个庞大的帝国失去重心，步伐不稳，最终失足而坠入深渊。它正在慢慢的陷于‘
宪法危机’之中。在开始的时候这种危机还令人难以理解，随着岁月的流逝，政事每况愈下，才真相大白，但是恢复正常步伐的机会却已经一去而不复返了。”
张居正的悲剧源于他以个人权威所进行的改革触动了整个文官集团；申时行的悲剧在于他不得不降低张居正的标准而被视作“首鼠两端”；海瑞则以个人对于制度的遵循去对抗全社会的腐败风气，当他再次提出用太祖时代的“剥皮实草”去对付那些贪污的官员时，大多数人自然也就对他敬而远之了。戚继光作为一代军事天才，却由于受知于张居正，而在居正死后遭到政治上的打击。他所进行的军事改革也因此而付之东流。最后一个人物是哲学家李贽。万历十五年是李贽出家的前一年。黄仁宇先生认为李贽在王阳明哲学的影响下“存在着鼓励各人以自己的良心指导行动、而不顾习惯的道德标准这一趋向。
1587年，李贽就走到了这条道路的交叉点。”
关于晚明社会的历史结论
黄仁宇在全书的最后一章总结说：“1587年，是为万历十五年，岁次丁亥，表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者晏安耽乐，首辅的独裁或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事实上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，还有的人则身败而兼名裂。”“因此我们的故事只好在这里作悲剧性的结束。万历丁亥年的年鉴，是为历史上一部失败的总记录。”
这一切都可以归咎于庞大而无效的官僚体制，尤其是缺乏财政能力。黄仁宇在《＜万历十五年＞和我的“大”历史观》一文中说道：
